До 2008 года последнюю резиденцию царской семьи занимало военно-морское ведомство. Реставрация началась спустя несколько лет после передачи здания Государственному музею-заповеднику «Царское Село». И вот наконец сохранившиеся интерьеры резиденции Николая II отреставрировали, а утраченные — восстановили в мельчайших деталях по многочисленным фотографиям и документам. Текстильное декоративное убранство воссоздали по образцам, хранившимся в фондах музеев-заповедников «Царское Село» и «Павловск». Удалось вернуть на прежнее место некоторые исторические предметы мебели, аналоги недостающим подобрали из коллекции музея. Получившаяся экспозиция теперь заметно выделяется среди анфилад петербургских императорских дворцов. Это интимные, камерные комнаты, говорящие скорее о повседневном быте, чем о роскоши, ассоциирующейся с парадными покоями Романовых.
Малая церковь во имя Сретения Господня была построена в императорском дворце Бартоломео Растрелли в 1768 году и полтора столетия использовалась для частных богослужений царской семьи. В советское время здесь размещалась реставрационная мастерская Эрмитажа. Иконостас, конечно, был разобран, роскошное убранство в духе барокко ликвидировано. Однако в наши дни оказалось, что в 1940-е годы сотрудники музея не сбивали исторический декор, а прятали под краской и штукатуркой. Головки херувимов из папье-маше нашлись в фондах и вернулись на место. Потолочный плафон «Сошествие Святого Духа» Николая Майкова удалось расчистить. Отреставрирован паркет. Иконостас, впрочем, решили не реконструировать: пришлось бы создавать полный новодел, так как из 16 исторических икон, находившихся здесь, сохранилось только 2 (в коллекции Русского музея). Ныне Малая церковь используется в качестве выставочного зала, в ней развернута экспозиция православных богослужебных облачений.
На протяжении многих лет Государственный Русский музей владел только половиной Михайловского замка; в другой части размещалась Центральная военно-морская библиотека, которая ныне переехала в здание бывшей временной тюрьмы на площади Морской Славы. После того как военные наконец освободили помещения, музейщики приступили к реставрации. В итоге в обновленном виде предстали Воскресенский и Тронный залы, галерея Арабесок, а также апартаменты камер-фрейлины Протасовой. Особенно парадным получился первый из них — тот самый Воскресенский зал, где в марте 1801 года было выставлено для прощания тело первого владельца замка, императора Павла. Здесь удалось восстановить облицовку стен искусственным мрамором по сохранившимся и найденным при расчистке образцам, воссоздать плафон и камины. Из фондов музея на место вернулись две из четырех огромных картин, заказанных Павлом: «Взятие Казани Иваном Грозным» и «Призвание Михаила Федоровича Романова на царство» Григория Угрюмова.
Самый легендарный российский интерьер — это, очевидно, утраченная Янтарная комната. Второе место занимает Лионский зал из парадной анфилады Екатерининского дворца. Он был создан архитектором Чарльзом Камероном и входил в число личных апартаментов императрицы Екатерины Великой, а позже стал любимой парадной гостиной императрицы Марии Александровны. На его отделку пошло 2,5 т лазурита. Во время Великой Отечественной войны от него, как и от других помещений дворцов в Царском Селе, остались голые кирпичные стены. При реставрации, которая велась с 2017 года, лазурит из Афганистана пришлось привозить заново. В музее сохранилось несколько предметов оригинальной меблировки. Завершающим этапом реставрации было возвращение исторического паркета с перламутром, амарантом, розовым деревом. Этот паркет во время войны был вывезен нацистами, обнаружен в 1947 году и возвращен в Царское Село и той поры хранился в фондах, разобранный на щиты. Сборка его заняла около полутора лет.
Реставрация дворца на Мойке шла в течение восьми лет. Общая сумма средств, потраченных за это время, приближается к миллиарду рублей. Последними апартаментами, приведением которых в порядок завершились работы, стали Кабинет княгини (Малая белая гостиная), Туалетная (Фарфоровый будуар), Ванная и Персидская (Восточный будуар). Их архитектором, скорее всего, является Ипполит Монигетти. Любопытно, что комплекс сохранившихся будуарных комнат является уникальным: обычно дамские апартаменты так не берегли. Самым очаровательным из этих образцов второго рококо середины XIX века является Туалетная комната, декорированная с использованием фарфора. Правда, орнаментальная резьба стеновых панелей и плафона фарфор здесь только имитирует, а на самом деле выполнена в технике мастики.
