Первый музей Николая Пирогова (1810–1881) был открыт в Петербурге 26 октября 1897 года. Это был «нацпроект», средства собирали всем миром, создание музея патронировал министр финансов Сергей Витте. Для мемориала выделили выигрышный участок на берегу Невы, на Пироговской набережной. Здание «госпитального провиантского магазина» было перестроено в представительный дворец медицины по проекту архитектора Виктора Шрётера. Это был не только мемориальный музей, но и научный центр с библиотекой по медицине. Там же работало Русское хирургическое общество, выступали с лекциями Сергей Боткин, Роман Вреден, Николай Склифософский и другие знаменитые врачи. После революции музей менял названия, стал военно-санитарным, в итоге был передан расположенной рядом Военно-медицинской академии. Музейное собрание рассеялось по кафедрам.
Военно-медицинский музей Министерства обороны СССР был создан в Москве в 1942 году, через пять лет его перевели в Ленинград, и он занял военный городок около Витебского вокзала, в том числе классицистическое здание лазарета Семеновского полка. Первый начальник музея Алексей Максименков добился передачи новому учреждению культуры подлинных вещей и книг Николая Пирогова.
Возврат пироговского музея на старое место поначалу не обсуждался, а в 1969 году при строительстве гостиницы «Ленинград» историческое здание на Пироговской набережной было снесено, и вопрос решился сам собой. Но оказалось, что непросто показать пироговский музей и в комплексе у Витебского вокзала. Около 30 лет назад было поставлено на капремонт здание лазарета; работы не завершены по сей день. Музей занимает всего несколько залов, рядом с фондохранилищем. Нынешняя экспозиция была создана в 2001 году с акцентом на детские и просветительские программы.
2018-м проект «Белка и Стрелка: космические герои» получил премию «Музейный Олимп» как лучшая детская выставка.
Тем не менее музейщики понимали: нужна «перезагрузка». Новый музей Пирогова не стал воссозданием буквальным — скорее, это попытка показать несколько десятков самых интересных предметов. Дизайнер Борис Бейдер выбрал бордовый цвет стен, напоминающий прежний музей. В этом пространстве сосуществуют интересные медикам рукописи лекций на латыни и немецком, «Начала общей военно-полевой хирургии», написанные во время Крымской войны, карманный набор хирургических инструментов. И интересные всем треуголка Пирогова, французский орден и немецкая медаль, полученные им за одну франко-прусскую войну 1870–1871 годов, картина Ильи Репина «Приезд Н.И.Пирогова в Москву на свой 50-летний юбилей» (1881).
Абсолютный хит экспозиции — книга посещений усыпальницы Пирогова в его усадьбе Вишня в Винницкой области (там до сих пор сохраняется забальзамированное тело ученого). На обложке — строгий штамп «Изъята в мае 1945 года». Первая запись датирована июнем 1921 года. Посетители — выпускники Одесской медицинской академии. К 1942 году относится несколько автографов на немецком языке. Последняя запись сделана 6 мая 1945 года — отметились профессора из Еревана, Киева, Ленинграда и Харькова.
